Первое упоминание села Прудки зафиксировано в платежных книгах за 1595 год, где оно значится «за Назарьем Рудневым сыном Сидорова». Деревянный храм Рождества Богородицы появился в селе не ранее 1676 года, о чем говорят окладные книги того времени. В приход входили 38 дворов, в том числе 9 дворов боярских.
.
И только в 1849 году полковником Петром Игнатьевичем Полибиным в Прудках была выстроена новая каменная церковь в честь Рождества Богородицы на месте старого деревянного храма. Новое здание церкви имело два придела – один в честь иконы Казанской Богоматери, а другой во имя свв. Петра и Павла. За церковью числилось 33 десятины земли, а также имелся дополнительный неприкосновенный капитал в размере 1488 рублей. В состав прихода входили села: Плешково, Прудки, Здешкино, Алтухово, Вельиминово. Всего прихожан значилось 564 мужика и 609 женщин
.Из священников церкви известны:
Иоанн 1676 го.
Даниил 1676 г.
Василий Стефанов 1736-1742 г.
Сергей Васильев 1742 г.
Афанасий Михайлов 1745 г.
Максим Сергеев
Андрей Стефанов.
Иоанн Стефанов 1794 г.
Борис Иванов 1814–1840г.
Иоанн Экземпляров 1840-1848 г.
Семен Ушмаров 1848-1861
Александр Беляев 1861-1882 г.
В советские годы храм был закрыт и разорен. Колокольня взорвана, а в церкви долгое время находился склад. Из церковных росписей уцелели лишь фрески двух святителей:
Николая Чудотворца и Василия Рязанского. В 1999 году церковь передали верующим, там начались восстановительные работы. Сегодня реставрация еще не закончена, хотя служба в храме идет.
(по материалам Иоанна Добролюбова «Историко-статистическое описание церквей и монастырей Рязанской епархии).